Nindroidov gwo lame revòlte e te kòmanse konkeri planèt la. Ewo brav nan jwèt la "Ale Ninja: Leve non Nindroidov" ap eseye sispann rebelyon an, ak pou sa a yo bezwen pou li ale nan baz la lènmi epi detwi lidè a. Devan yo nan yon fason lontan, ou ka jwe pou chak Ninja, ki se nan jwèt la. Sitiyasyon diferan mande pou pèsonaj diferan. Chanje karaktè yo vini nan lavi nan jwèt la nan yon Portal espesyal. Si ou vle kraze baryè a, pwovoke pwisan Ninja ak yon rach, koupe l 'an moso tout. Kolekte nan tout kabinè a medikaman fason, men pito eseye kenbe soti lènmi.