Nan dezyèm pati a nan jwèt Pandemic 2 a, ou pral kontinye misyon ou a detwi tout limanite kòm yon pandemi ki ka touye moun. Jwèt la kòmanse ak ou chwazi ki kalite maladi: viris, bakteri oswa parazit. Lè sa a, ou pral chwazi yon pwen depa pou enfeksyon ou a. Soti nan la ou pral oblije gaye maladi ou a nan rès la nan mond lan. Lè w gaye atravè mond lan, ou ka amelyore maladi ou epi fè li pou moun pa soufri. Toujou modifye viris ou pou limanite pa ka vini ak yon gerizon pou li. Se konsa, piti piti ou pral detwi tout popilasyon an nan planèt la nan jwèt la Pandemi 2