Princess Peach te kidnape ankò, Bowser pa ka kalme, epi li lè yo pran retrèt ou, men toujou la, ba l 'yon bote. Mario bezwen frape wout la, epi li se tou pa fraîcheur nan premye. Pou la pwemye fwa, plonbye a doute kapasite l ', li deside envite Sonic ede, konnen ki jan li ka kouri vit ak sote byen wo. Nan entre-temps la, pandan y ap Sonic rive, ou ka kontwole Mario epi ede l 'kolekte pyès monnen ak sote sou henchmen Bowser la. Lè sa a, ou ka chanje nan Sonic, men li pral gen kolekte bag, men tou de ewo gen menm objektif la - pou konsève pou Princess la nan Super Mario ak Sonic.
